Los Vengadores de Marvel solo tienen algunas peleas de jefes en la campaña de 12 horas, sin embargo, están bastante bien escritas y brindan una experiencia bastante emocionante. La pelea de jefes de Abomination, por ejemplo, que tiene lugar en las secuencias de apertura del juego, es una de las peleas de jefes más memorables del juego.
Monica Rappaccini es una de las dos peleas de jefes principales en el juego, y puede ser bastante abrumador para algunos jugadores, ya que tiene múltiples fases que pueden volverse bastante difíciles. La lucha contra Monica tiene lugar en la misión "To Stand Alone". La pelea del jefe se lleva a cabo en tres fases, y debes concentrarte en permanecer en la plataforma en las tres fases. Caer expondrá al personaje a gas venenoso que puede agotar rápidamente su salud.
Durante la primera fase, Monica usa ataques básicos que se pueden esquivar fácilmente. Mantener una distancia segura con ella y usar la pistola de Black Widow debería agotar rápidamente su salud, sin embargo, acercarse demasiado hará que use un ataque cuerpo a cuerpo, lo que puede resultar un problema. Alrededor de la segunda mitad de la primera fase, desaparecerá y aparecerán algunos drones en su lugar. Saca los drones con tu pistola para hacerla reaparecer en el campo de batalla.
A partir de la segunda fase, se vuelve un poco complicado. Monica comienza a correr hacia ti si intentas mantener la distancia, por lo que debes cronometrar tus esquivas lo suficientemente bien como para evitar ataques. El resto es más o menos lo mismo, con ataques a distancia haciendo la mayoría de las cosas. A diferencia de la primera fase, Monica invoca proto-sintoides esta vez, que pueden ser bastante difíciles de manejar. Asegúrese de usar sus habilidades correctamente para evitar sentirse abrumado. Derribar las Synthoids hará que reaparezcan.
La fase final es bastante sencilla. Se lanza al aire y se estrella contra el suelo durante esta fase, sin embargo, es bastante fácil esquivar este ataque siempre que preste atención a los indicadores de impacto en el suelo. La paciencia es la clave del final del juego, ya que el ataque de slam puede resultar problemático si te vuelves demasiado ambicioso.
